手术治疗是子宫内膜异位症的主要治疗方法。就手术方法来讲，临床上有切除子宫、切除子宫和附件以及单纯清除异位病灶几种。这些方法各有其特点，切除子宫和切除子宫及附件，可以把复发率降到0.1%，也就是说基本上可以杜绝复发。而单纯清除异位病灶则复发率比较高。但切除子宫和附件对女性内分泌的影响比较大。那么就保证女性生活质量而言，哪一种方式是最合适的选择呢？这不管对于医生来讲，还是子宫内膜异位症的病人来说，都是需要认真面对的问题。
选择和确实手术的方式，必须考虑两个关键的因素，第一个根据病变的程度，第二也是非常重要的参考因素，即患者的年龄。
所谓根据病变的程度，就是说要从病情的轻重出发，如果用单纯把病灶拿掉的办法就可以解决问题，当然就没有必要把子宫或附件切除。例如，如果一个患有子宫肌腺症（子宫内膜异位症的一种），因为内膜结节使其从来月经第一天开始就疼，月经过去一两周还在疼，在一个月甚至多半时间内都不能正常工作和生活，那么就要考虑切除子宫。如果疾病没有到这个程度则不应该轻易切除。
患者年龄也是确定手术方式的重要因素。对于小于45岁的子宫内膜异位症患者，通常不主张做子宫和双附件切除手术。因为虽然较为彻底地去掉了子宫内膜异位灶，免去了复发的可能，但距进入更年期差不多还有十年的时间，在这十年里，由于失去了卵巢而导致内分泌功能的失衡，雌激素分泌显著减少，可使其提前进入更年期，还有可能并发内分泌失调引起的许多妇科疾病，这对患者显然是非常不利的。特别是对于尚没有生育的妇女来说，切除子宫是一个很残酷的事情，所以一般要劝她尽早生孩子，然后再考虑切除子宫。而对于一个大于45岁的子宫内膜异位症患者，则建议做子宫和双附件的切除手术。这是因为她的卵巢功能即使留下来，对于即将或者已经进入更年期的女性来说也不会产生更多的负面影响。相反，如果把子宫和双附件切除，即可以彻底根除疾病，又不会对身体产生更多不良影响。
所以，到底要不要切除子宫，要不要切除附件，必须根据这样两方面的因素综合衡量，不问具体情况而采取“一刀切”的做法是要不得的。
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