在肛瘘手术后24小时后，将伤口内的凡士林纱布及其他填充纱布取出，若创面较深较大，则可于48小时后取出，使患者排便，然后坐浴患处，并换药。每日一次直至伤口完全愈合。
换药时，伤口应保持引流通畅，药布放到伤口深处，即伤口底部，覆盖好肉芽组织，使其由深部向外生长，但不宜填塞太紧，以免妨碍愈合。同时要检查伤口情况，避免外部伤口粘连，早期愈合，而形成新的瘘管。对外部生长较快的肉芽要经常剪切，对已提前愈合的外部组织要提早切除，扩大外部引流口，使引流通畅。
换药时，有条件者应尽量使用诸如生肌玉红膏之类的中药膏剂，祛除腐肉，以促进伤口愈合
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