祖国医学对此病论述颇多，如《医门补要·医法补要·痔疮》中说：“湿热下注大肠，从肛门先发小疙瘩，渐大溃脓，内通大肠，日久难敛或愈月余又溃，每见由此成痨者，乘初起，服清热内消散，数贴可愈。若先咳嗽而成漏者，不治。”可见本病的发生，为肛门直肠周围痈疽溃后久不收口，湿热余毒未尽．蕴结不散，血行不畅所致，或因脾、肺、肾三阴亏损，或因肛裂损伤感染而成。
现代医学认为，肛瘘的病因主要是细菌感染。细菌以大肠杆菌、结核杆菌、变形杆菌为主。细菌侵犯的部位是肛隐窝、肛门腺导管和肛门腺体。肛门腺感染、化脓，形成肛周脓肿，自然破溃。或经手术切开排脓后，脓肿壁由结缔组织和肉芽组织增生、缩窄成管状，外口缩小，内口继续感染，不能自愈，即成肛瘘。脓肿破溃或切开引流后，常不能治愈。常见以下原因：
1．内口的存在：脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源，肛窦炎或肛腺感染仍可继续存在，肠腔内容物也可从内口继续进入瘘管。
2．肛门部不能静养，脓腔不易粘合：排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。
3．肠腔中的粪便、肠液和气体继续进入瘘管，刺激管壁，使管壁结缔组织增生变厚，管腔难以闭合。
4．脓腔引流不畅，或外口缩小，时闭时溃，脓液蓄积腔内，导致脓肿再发，并穿破而形成新的支管或窦道。
5．管道多在不同高度穿插过肛门括约肌，括约肌收缩阻碍脓液排出，以致引流不畅。除此之外，结核、克隆氏病、溃疡性结肠炎、肛管或者肠癌和腹股沟淋巴肉芽肿等，也是形成肛瘘的病因。
正常情况下，肛门腺不断分泌粘液，经肛门腺导管和肛门隐窝排出到直肠中，不会发生感染。当致病菌进入肛门隐窝经肛门腺导管侵入到肛门腺，如果不能自行排出就会发生感染。致病菌侵入肛门隐窝后，粪便阻塞或擦损肛门腺导管，可使肛门腺发生感染。首先表现为肛门隐窝的炎症，即肛窦炎症期。有肛门刺痛，便意感；局部检查为肛隐窝的充血，乳头红肿。炎症进一步发展，或使肛门腺形成化脓性炎症。脓肿扩散一般按联合纵肌纤维走行发展，如向括约肌中隔、向下扩散，或到肛门缘皮下，形成肛缘红肿；如向贯穿内括约肌的联合纵肌纤维走行发展，或穿入外括约肌不同的高度，入坐骨直肠窝脓肿；如炎症向粘膜下发展，可形成粘膜下脓肿。脓肿破溃或切开后形成肛瘘，如不及时治疗，反复发炎，化脓，或形成很多管道，使病变复杂，形成复杂性肛瘘
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